Les premières églises furent construites au début du XVIIème siècle sur des terrains appelés par les colonisateurs espagnols "village des indiens".
Les temples ont une seule nef avec un portail unique entourés par un mur qui délimite l'espace sacré où ont lieu les processions.
Le clocher est rattaché au corps principal de la chapelle. Il a été rajouté plus tard, c'est pourquoi on peut le trouver dans différentes positions par rapport à l'église. Pour la culture alitplanique, cette dualité église-clocher représente la relation homme-femme.

San Pedro d'Atacama est une paroisse depuis 1641
Les murs actuels datent de 1744.
Suite à un incendie, elle fut restaurée entre 1839 et 1943.
Son cloche de brique fut ajouté en 1964, remplaçant un clocher en bois plus ancien.
La dernière restauration importante fut faite sous la direction du Père Le Paige avec l'aide de l'armée chilienne.

Les saints patrons de San Pedro d'Atacama sont Saint Pierre et Saint Paul, leur fête se célèbrent les 28 et 29 juin.

En février 2001, l'autel et cinq sculpture sacrées de cire furent brûlés par vandalisme. Suite à cela, les artisans du village offrirent la reconstruction de ces images sacrées, c'est celles que l'on voit actuellement sur l'autel